El dragado puede destruir o alterar el hábitat de peces, plantas y otros organismos acuáticos, reduciendo la biodiversidad y afectando la calidad del agua. En Miranda tenemos en el lecho del cauce una especie en peligro de extinción, el molusco bivalvo Margaritifera auriculata, el más amenazado de España
La remoción del lecho del río puede liberar sedimentos y contaminantes, aumentando la turbidez del agua y afectando la vida acuática.
El dragado puede afectar la reproducción de peces, que son una fuente importante de alimento para las comunidades, y la emisión de sustancias tóxicas puede contaminar el agua y los peces.
El dragado a menudo solo proporciona una solución temporal, ya que el río tiende a volver a sedimentarse en los mismos sitios, requiriendo dragados frecuentes y costosos, es decir, que si no se hace de forma periódica no sirven de nada, y el coste ecológico que implica no nos lo podemos permitir. Es una grave alteración del ecosistema acuático, no solo en Miranda, sino también aguas abajo.
El dragado es una actividad costosa, especialmente si se considera el costo de eliminación de los sedimentos y el mantenimiento continuo.
La alteración del flujo del río puede causar problemas aguas abajo, como erosión y cambios en el régimen de inundaciones.
Estudios técnicos realizados en Navarra revelaron que los dragados y desbroces resultan de escasa eficacia, salvo casos puntuales». Así lo manifestaron en 2013 varios técnicos a los alcaldes de 16 municipios del tramo medio del Ebro en una reunión que mantuvieron con los responsables del departamento de Medio Ambiente del Gobierno de Navarra con la intención de trasladar sus reclamaciones a la Confederación Hidrográfica del Ebro.
